Tras el estallido de la sublevación el gobernador militar de Ciudad Real y el jefe de las fuerzas de seguridad y asalto proclaman su lealtad a la república. La región es importante para el gobierno republicano por su situación estratégica, su riqueza agropecuaria que solucionará el abastecimiento y su riqueza mineral. La provincia permanecerá fiel a la República. Incluso algunas localidades colaboran como milicianos en sofocar algunos levantamientos puntuales. En este caso habría que mencionar la colaboración de algunos vecinos de Pedro Muñoz junto con otras localidades para llevar a cabo una expedición organizada por el alcalde de Socuéllamos para conquistar Villarobledo.
Sin embargo, la mayor parte de la guerra y en la mayoría de las localidades la población continúa con su vida cotidiana, contando con la carestía propia de un estado de guerra y elevado el número de hombres que se encontraba luchando en el frente. Estalla en estas fechas también un intenso anticlericalismo y muchas iglesias son tomadas para ser empleadas en otras actividades. En Pedro Muñoz es asesinado a principios de la guerra el coadjutor de la parroquia, junto con otros vecinos, siendo el párroco retirado de su cargo y se le encargan tareas administrativas en la bodega de la localidad. El recinto de la iglesia es utilizado como cocheras, y los materiales de la parroquia se destruyen, excepto aquellos que son escondidos por algunos vecinos en sus viviendas.
Un suceso que se vive con gran temor en Pedro Muñoz es el bombardeo sobre Alcázar de San Juan en septiembre de 1936 y el ataque aéreo sobre los depósitos de gasolina de Campo de Criptana, que fue en 1937.
Con la radicalización del conflicto, los grupos más extremistas del bando republicano proclaman la obligatoriedad de las colectividades agraria. Así, son incautadas propiedades del término municipal de Pedro Muñoz.
La barbarie de la guerra afecta con especial virulencia a Pedro Muñoz, donde aparece un gran número de asesinados y represalias entre vecinos, tanto al inicio de la guerra como al final de la misma. Sin embargo, la guerra no afecta solo a aquellos que pierden la vida en el frente o en manos de sus vecinos, sino que la parte más dramática de la guerra a sufren aquellos que quedan y deben sufrir el dolor por la pérdida de los seres cercanos en un ambiente de escasez de alimentos y de otras necesidades básicas, así como importantes problemas de abastecimiento.